Год менторства.

В прошедший четверг, было наше заключительное собрание. Менторы и менти (учитель, ученик) должны были собраться и отметить окончание менторского цикла.
Если честно голова моя была занята совсем другими мыслями и заботами, я только что приехал из Денвера, участвовал в ежегодной конференции от American Thoracic Society (ATS) и сразу же после приезда был не простой разговор с моим науч руком, мы пишем грант, хотим подать 5 июня, так что времени мало. Но всё равно как говорится выкроил время или как говорят американцы "make time" и посетил это собрание. Собрание было не таким как в прошлом году, в прошлом году была BBQ party и во время этой вечеринки отметили окончание менторского цикла. Было весело, много народу, но по моему церемония окончания цикла была как-то размыта количеством людей которые приходили и поев уходили по своим делам и вообще большим шумом который стоял в помещении так как все разговаривали между собой и особо не следили что происходит на сцене. Поэтому в этот раз решили сделать всё более академичнее, пригласили профессоров которые рассказывали нам о важности менторства и о том как это нам всем может помочь в развитии профессиональной карьеры.
Было конечно интересно послушать но этой официальностью они (организаторы) просто "убили" праздник. После лекции, выступили два постдока которые участвовали в этом цикле и рассказали о своём опыте пребывания там, тоже выглядело всё это немного нелепо.
В конце раздали сертификаты и не большой банкет, во время банкета я разговорился с одним постдоком который решил перебраться в другую лабораторию так как где он сейчас работает всё очень плохо, финансирования нет, постдоки тихо тихо покидают тонущий корабль и он тоже вроде собрался не тонуть вместе с кораблём а искать другие варианты. Это вообще в конец убило во мне настроение праздника. Так как самое не приятное это когда наблюдаешь что что-то погибает и ты ничем не можешь помочь а лишь эгоистично думаешь про себя "слава богу, что не со мной".

А сертификат то выглядит неплохо :)

Каким выдался этот год.
В целом всё было интересно на первом этапе, мы не знали друг друга, знакомились, узнавали разговаривали на различные темы, к концу энтузиазма немного убавилось но мы все равно встречались спрашивали о делах, о том кто куда подал грант, получил или не получил, какие замечания. Один ментор сейчас активно ищет работу в индустриальном (частном) секторе, большинство из них это в целом люди разочаровавшиеся в науке как лёгкий способ достижения успеха, с нынешним финансированием и постоянно растущим количеством постдоков конкуренция обретает дикие формы. Вот и многие решают пойти по реке с меньшим сопротивлением, тем более там платят больше. Хотя если честно является ли частный сектор течением с меньшим сопротивлением, это конечно тоже вопрос. Я знаю двух знакомых которые решились на этот переход и оба разочаровались, не выдержали конкуренции, их выкинули за борт и они оба вернулись в лоно академии (так мы называем все университеты и научные центры которые в большей части спонсируются государственными грантами). Конечно существуют много других более успешных примеров, но успех нигде не даётся легко. Почему я завёл разговор о частном секторе, лишь потому что все наши разговоры так или иначе касаются этой темы.

Буду ли я участвовать в следующем менторском цикле? Скорее всего Да, всё таки работая в лаборатории где постоянно общаешься только с 4-5 людьми это не правильно. Встречать новых людей которые занимаются тем же самым что и я это всё таки полезно. И в моей жизни были самые не вероятные истории где как мне казалось что этого человека я больше не встречу никогда но на определённом этапе моей карьеры эти люди играли далеко не последнюю роль в "быть или не быть", так что кто знает, земля круглая и может ещё как-то пересекусь я с ними, но будет ли моя судьба зависеть от них или их от меня это конечно не известно, а может просто так где нибудь на конференции между симпозиумами поговорить о своём о научном...

Ещё несколько слов о тренировках.

В одном из своих поздних сообщении я рассказывал о пользе физических упражнений, и о потенциальном вовлечении миокинов в этот процесс (http://naukageek.blogspot.com/2014/12/blog-post_10.html). Конечно не надо быть "семь пядей во лбу" чтобы сказать что физкультура полезна для здоровья и кстати здоровья не только физического но и психологического. Физические нагрузки снимают стресс, отвлекают от повседневных забот и т.д.

Image from Nat Rev Rheumatol. 2015;11(2):86-97

Но всё таки есть и другая сторона физических нагрузок и эта сторона влияет на организм негативно. Так например, профессиональные атлеты во время интенсивной подготовки к олимпийским играм или другим важным соревнованиям подвержены инфекционным заболеваниям. В большей степени это результат истощения организма и иммунной системы.
Или другой пример, у участников марафона и триатлона измеряли содержание про-воспалительных цитокинов (TNF-a, IL-1) и липополисахарида (воспалительный компонент грамм-негативных бактерии, также известен как эндотоксин) до и после соревновании. Оказалось что уровень цитокинов и липополисахарида был значительно выше по окончанию соревновании. Что меня удивило так это увеличение липополисахарида (lipopolysaccharide, LPS) в крови, можно объяснить существование цитокинов так как при физических нагрузках мышцы и иммунные клетки могут синтезировать эти протеины. Но LPS это чужеродный агент и достаточно токсичен для организма, в лабораторных условиях исследователи используют инъекции LPS как воспалительный агент тем самым создавая модель сепсиса или эндотоксимии (конечно концентрацию которую используют в лабораториях в много раз выше). Потенциальное объяснение этому эффекту то что во время изнурительных физических нагрузках увеличивается проницаемость кишечного эпителия и таким путём в кровь попадают микроорганизмы которые незамедлительно уничтожаются лейкоцитами но при этом высвобождается тот самый LPS.

Когда-то давно наткнулся на одну научную статью (сейчас уже точно не помню год выпуска но где-то 1964, -65 года) где предлагали использовать истощающие физические нагрузки (например бег в колесе) как модель для сепсиса на животных, в той статье исследователи аргументировали что иммунная реакция животных на физические нагрузки практически идентична с клиническими случаями сепсиса у пациентов. Конечно эта модель так и не стала "основной" в изучении иммунных и молекулярных основ сепсиса но действительно очень много схожестей, параллелей в этих двух процессах.

Литература:
Nat Rev Rheumatol. 2015 Feb;11(2):86-97
PLoS One. 2013 Dec 23;8(12):e82869.
Br J Sports Med. 2014 Jun;48(12):980-6.
Int J Sports Med. 1998 Jul;19 Suppl 3:S205-9
J Appl Physiol (1985). 1988 Jul;65(1):106-8.

микроРНК и пептиды стали ближе

микроРНК уже наверное у многих на слуху, однажды в 1993 году открыв этот новый тип РНК научные исследования только приумножают знания о них. Сейчас микроРНК вездесущ, множество статей говорят о вовлечении микроРНК в воспалительные, иммунные реакции, ещё больше работ описывают значение микроРНК в росте и развитии раковых клеток, кардиоваскулярных. нейрологических итд нарушениях.
Также известен и механизм по которому микроРНК действует, как говориться "to make long story short" механизм действия основан на эволюционной идентичности ядерных клеток, они терпеть не могут двухцепочный РНК, вот увидят хоть малюсенький, микроскопический участок  двухспирального РНК так сразу уничтожают весь РНК, как говорится "казнить, нельзя помиловать!!!".
Но, всегда есть но, и это НО я услышал когда нас с лекцией навещал ни мало, ни много человек который собственно открыл эти микроРНК (Виктор Амброс).
После того как он прочёл свою часовую лекцию где я практически ничего не понял, т.к. сей господин работает с нематодами, а что я знаю про нематоды, ну паразит он и есть паразит...
И после окончания его выступления по закону жанра пошли Вопросы - Ответы. Ну и один учёный, видимо тоже не из последних в этой области, спросил: возможны ли другие пути с помощью которых микроРНК регулирует экспрессию РНК (и соответственно генов, соответственно фенотип клетки, её функциональность)?
И тут док. Амброс сказал то что я наверное единственное что понял и запомнил. А сказал он следующее: - Да возможны и скорее всего возможны так как они встречают эффект микроРНК который не может объяснить нынешний механизм их действия. Продолжая дальше он дал волю своему воображению и продолжил: -Например, нам неизвестна есть ли связь между микроРНК и пептидами. Ведь пептиды это очень маленькие последовательности аминокислот, и интересно было бы узнать может ли микроРНК или его предшественник кодировать эти самые короткие последовательности аминокислот.

И вот вчера, просматривая последний выпуск журнала Nature, я обнаружил следующую статью:

Все эксперименты в этой статье проделали на растениях, но как говориться "первый пошёл!".