четверг, 2 июля 2015 г.

Ревизор, Ревизор, к нам едет Ревизор!!!

Предыстория:
Вбиваем в поисковик pubmeda слово "cancer" и получаем статистику что в прошлом 2014 году - 151,475 а в 2013 году - 144,283 статей и все эти статьи имеют если не прямую то хотя бы косвенную принадлежность к исследованиям в области раковых новообразований. К примеру в 1990 (15 лет тому назад) было опубликовано всего лишь 53,193 научных работ, как говорится прогресс заметен невооружённым глазом.  
Параллельно этому NCI (National Cancer Institute) получает самый большой "кусок" из бюджета одобренный конгрессом США на финансирование NIH (National Institute of Health), отсюда и идёт такой огромный оборот научных работ в этой области по крайне мере в штатах. Чтобы там не говорили что наука это чуть ли не искусство, но в отличие от художника которому нужен всего лишь холст и краски, или перо и бумага то учёному помимо светлой головы нужна и техническая поддержка, микроскопы, ПЦР машины, инкубаторы для хранения клеток, отдельная база для выращивания и содержания животных ну одним словом много чего ему нужно.

Никто не говорит что это не правильно, рост онкологических больных растёт во всех развитых странах и к сожалению пока нет идеального препарата который бы полностью излечивал людей от этого недуга и в тоже время обладал-бы минимум побочных эффектов.
Но как говориться много не значит лучше, если вкладывать огромные суммы (а речь идёт действительно об огромных инвестициях которые исчисляются в миллиардах долларов со стороны правительства США и частного сектора) то априори это не означает что сразу найдётся лекарство от рака.

Amgen жалуется...
Ну ладно давайте немного оставим эту тему о нужде или не нужде открытия лекарства от рака, возможно ли это или нет?
А подойдём к этому вопросу с другой стороны...
Итак огромное количество статей публикуется каждый день где так или иначе исследуют молекулярные механизмы раковых клеток или тестируют потенциальные фармакологические агенты в борьбе с раковыми клетками.
В идеале механизм коммерциализации научного открытия идёт по следующему механизму. Профессор Х делает открытие, находит молекулу Z которая убивает и экспрессируется исключительно в раковых клетках. Своё открытие он конечно же публикует в условном Nature. Эта статья срабатывает как маячок для фармацевтических компаний которые занимаются разработкой фармакологических препаратов, компания приглашает профессора как консультанта, выписывая ему хороший чек, и начинают разработку препаратов который бы нацеливался на эту Z молекулу и тем самым убивал бы раковые клетки. Препарат синтезируют, оформляют патент и затем запускают клинические исследования. Конечно это "грубая" картина куда не вошли многие детали но примерно всё выглядит так (также хочу сказать что это не единственные механизм, в некоторых случаях сам профессор оформляет патент на своё открытие и тогда ему надо либо искать инвесторов либо продать свой патент).

image from  pharma.bayer.com
И вот одна такая компания Amgen, до того как начать синтезировать фармакологические агенты, решила удостовериться и повторить опубликованные результаты.
К своему удивлению только в 6 из 53 статей (около 10%), которые были опубликованы в таких журналах как Science, Cell и Nature, сотрудники Amgen смогли повторить результаты. Дааа это был конечно же большой удар по репутации академии, конечно определённый процент невоспроизводимости будет всегда в силу использования реагентов из разных компаний или не детального опубликованного протокола, но не в таких же количествах.
Другая компания Bayer из 67 статей только в 14ти случаях смогла подтвердить результаты исследований.
Условно, можно сказать что из 31-го миллиарда $ который тратиться NIH на исследования, 28 тратиться непонятно на что, на результаты которые просто не возможно повторить, какой же там разговор о лекарствах?!

Воспроизводимость:
Проблема воспроизводимости результатов стоит и стояла очень остро. Учёные в погоне за славой или слишком веря в свои идеи готовы на обман и выдают окружающим то чего на самом деле нет. Также учёные могут стать жертвой артефактов, хотя опять таки это скорее всего результат одержимости к одной идеи, человек субъективен. Также имеет место просто человеческая ошибка, так например я помню как одна статья из Science была отозвана из-за того что студент в лаборатории постоянно использовал не тот реагент и поэтому получал такие "отличные" результаты. Студент ошибку признал и профессор сам отозвал свою статью.
Но в защиту тоже хочется сказать что не всегда учёные виновники не воспроизводимости, так например недавно было объявлено что состав микробиома кишечника животных купленных из разных компаний РАЗНЫЙ и тем самым это может влиять на конечный результат опытов.

Личности:
Как говорил Иосиф Виссарионович: "Кадры решают всё!"
Хорошего постдока, лаборанта, специалиста не так-то легко найти, найти такого который с большей вероятностью забудет когда день рождения его подруги, но наизусть знает протокол приготовления TBST buffer. Таких мало, таких найти очень сложно, а в фармацевтических компаниях их ещё меньше так как туда идут люди которым нужно лишь одно деньги, они могут вам говорить всё что угодно но во главе угла это деньги, так как других причин переходить из академии в сектор биоиндустрии объективно нет, в компаниях лучше платят работают от звонка до звонка, и им грубо говоря по барабану что дополнительное ополаскивание лучше делать каждые 2 часа а тут уже 6:00 вечера какой там ополаскивание. Важно сказать что в отличие от академии где рабочее время не строго нормировано (в большинстве лабораториях) так как всё подчинено его величеству эксперимент и постдок как и профессор вынуждены подбивать свои другие дела под этот процесс. А в индустрии всё более строго, работа с 9 до 6, за переработку никто платить не будет поэтому никто и не будет ради какого-то там ополаскивания оставаться до поздна. Так что говорить об одинаковом уровне профессионализма и посвящения всего себя экспериментам всё таки не совсем будет уместно.
Это как дать одни и те же ингредиенты разным поварам в лучшем случае, в худшем дать одни и те же ингредиенты "условному мне" и повару, блюда получатся разными.

Ревизор:
И вот в июле 2012 года (примерно годом ранее началась вся эта шумиха) молекулярный биолог в области рака Елизабет Йорнс (Elizabeth Iorns) основывает и возглавляет компанию под названием "Science Exchange". Эта компания создаёт сеть лабораторий (анонимов конечно), хочу заметить создает сеть но не лаборатории, которая будет воспроизводить результаты из тех или иных статей. Мишенями для проверки они выбрали одни из самых высоко цитируемых статей в области рака:

Image from http://news.sciencemag.org/biology/2015/06/feature-cancer-reproducibility-effort-faces-backlash


Эта компания не сборище каких-то волонтёров или борцов за правду (хотя уверен есть и такие) но за проделанную работу платят лабораториям, а им в свою очередь платят фармацевтические компании которые не желают разбираться что и как но хотят знать стоит ли вкладывать деньги в то или иное направление молекулярной биологии. Плюс Laura and John Arnold Foundation выделил грант на "Transparency Science" от которого они получили 1.3 миллиона $ дополнительно.  Так что как бы там не обрамляли этот Science Exchange  на самом деле это посредник и что-то мне подсказывает что дело не только в поиске истины (в чём и есть наверное основное предназначение науки).

Кстати журнал Plos One поклялся что опубликует в своём журнале результаты "проверки" какими-бы они не были.

Последние штрихи:
Почему всё именно так, а не иначе? Почему исследователи публикуют результаты которые не действительны? Неужели наука собрала всех подлецов которые только сидят и подтасовывают результаты? И наверное самый важный вопрос зачем?
Ответов и причин к таким действиям множество... Я не думаю что в науке так и собрались все вруны и подлецы, не утверждаю что все честные как ангелы но и совсем плохих тоже единицы. От публикования каких-либо фантастических результатов миллион долларов не положишь себе в карман, как говориться было бы за что? Да опубликование в таких журналах как Cell увеличивает твои шансы на получение хорошего гранта от NIH в будущем, но в большей части эти средства на исследования.
А может всё дело в системе распределения грантов, ведь порой получишь ты грант или нет зависит от твоего p value меньше он 0.05 или нет. Если нет то данные твои неинтересны и в финансировании откажут, и это может привести к тому что лабораторию придётся закрыть и всё над чем ты трудился всю жизнь канет в небытие.
Получить финансирование очень сложно, при том что бюджет стал несоизмеримо мал по сравнению с количеством исследователей.
Поймите меня правильно, я не оправдываю обман, обман есть обман независимо чем он был мотивирован, но видя ситуацию изнутри приходишь к мнению что всё не так просто как кажется.
И тем не менее, есть те 10% которые делают разницу, и благодаря им, мы знаем о существовании онкогенов, о том что можно лечить рак с помощью иммунных клеток, были открыты эмбриональные стволовые клетки а затем индуцированные плюропотентные стволовые клетки и многое, многое другое что делает молекулярную биологию самую быстро развивающуюся область естествознания.